Da eine doppelte Gastgeberschaft - nämlich Köln und Deutschland - vorzufinden war, entschied man sich zur Bildung einer temporären Organisationsstruktur, bei der insbesondere die amtskirchlichen Interessensvertreter der Deutschen Bischofskonferenz (DBK) - als Instanz der römisch-katholischen Kirche auf Bundesebene - und des Kölner Erzbistums Berücksichtigung fanden.
Die zentrale Weltjugendtagswoche wurde im Erzbistum Köln (EBK) - also insbesondere den Städten Köln, Bonn und Düsseldorf - zelebriert, während in den vorangehenden Tagen - im Rahmen der Tage der Begegnung - die internationalen Besucher zu Gast in den anderen deutschen Diözesen waren. Ob und inwieweit die deutschen Diözesen ihren Gästen und einheimischen Jugendlichen ein Programm für diese Tage anboten, war von Diözese zu Diözese unterschiedlich.
Die Kölner Gemeinden wurden im Rahmen der sogenannten Kernteams insbesondere auf ihre Gastgeberschaft während der eigentlichen Weltjugendtagswoche vorbereitet.
Im Hinblick auf die drei Säulen katholischer Jugendarbeit in Deutschland waren in den Gremien der Weltjugendtagsorganisation Mitglieder der Amtskirche und des BDKJ vertreten. Die Anhänger der Orden und freien Gemeinschaften hatten Gelegenheit, sich im Rahmen sogenannter Geistlicher Zentren während des Weltjugendtags zu präsentieren.